カヌーマラソンは川、湖、河口、海などを組み合わせて設定されたコースで行われます。
マラソンという名のとおり、長距離を漕ぐレースですが、近年では、概ね３㎞の周回コース内に人工のポーテージ（陸路運搬）を設定して漕ぐ＋艇を持って走るスタイルで行われる場合が多く、より観客が楽しめるように発展してきました。

種目はカヤック部門（K） 、カナディアン部門（C）、SUP部門に分かれており、K1、K2、K4、C1、C2、SUPなどがあります。KやCの艇はほぼスプリントと同じですが、重量や形状などの細かいルールはスプリントと異なっています。国際大会では、ICF世界選手権大会、ワールドゲームズ、ICFワールドカップ、アジア選手権大会などが開催されています。

マラソン競技が実施される会場のコンディション等によってスタートの種類が異なります。

その他、ビーチから走って艇に飛び乗りスタートするビーチスタートや抽選により決められた格子（網目）状のエリアごとに並ぶ方法で、ランキング上位者が優位なエリアからスタートするグリッドスタートなどもあります。

レースのコースには、ポーテージ(陸路運搬)エリアが含まれる場合があります。

選手は、80m～100mのポーテージエリアを自分の艇を担いで走り、再び水上へ漕ぎ出します。

特にポーテージエリアは、観客の間近に設定されることが多く、選手の艇の乗り降りや、艇を担いで走る姿などを見ることもでき、選手の呼吸音も聞こえるくらいの距離で観戦することができます。

ポーテージエリアでは、監督等が選手へ給水などのサポートが可能となるフィーディングエリア が設けられています。

カヌーマラソンは、「タクティクス（作戦）」も勝敗の重要な要素になります。水上での駆け引き、ポーテージでの作戦は勝敗を左右します。

カヌーマラソンは、周回コースのため、選手が何度も観客の前を通過していきます。

特にポーテージエリアは、観客の間近に設定されることが多く、選手の艇の乗り降りや、艇を担いで走る姿などを見ることもでき、選手の呼吸音も聞こえるくらいの距離で観戦することができます。

ポーテージでは、監督等のサポーターが給水の為に選手と並走することができ、選手はいつ給水を受けるか、サポーターはいかに選手のスピードを落とさずに給水補助を行うか、緊張の瞬間も見ることができます。

１つのレースは長時間にわたりますが、トップ集団は先頭を入れ替えながら、ハイスピードでレースが展開され、ゴール前のスプリントではコンマ差の接戦となるレースもあり、多くの観客が選手の姿に魅了されます。

海外ではスプリントのオリンピック出場選手が、カヌーマラソンレースに出場することもあります。
カヌーマラソンはスプリント競技力の向上にも深く関係し、本格的に『二刀流を実践している選手』は、世界的にも有名で人気の選手です。